４年制大学への一般進学を目指す生徒を主体にしたカリキュラムを組みます。
部活動の競技力を生かした進学を目指す生徒にも、進路の道が大きく拓かれます。

後藤学園併設の専門学校へ進学する場合は特別優遇措置があります。
特に、藤華医療技術専門学校及び、藤華歯科衛生専門学校へは、特別推薦制度（校内選考のうえ、特別入学枠あり）があります。

「藤華医療技術専門学校」は看護師、理学療法士、作業療法士の国家資格試験において、全国トップクラスの合格率を誇ります。また、大分県内で唯一の助産学科があり、助産師の育成に取り組んでいます。（病院指定奨学制度の利用も可能です）

「藤華歯科衛生専門学校」は九州初のカリキュラムで国家資格100％を目指します。（令和3年度は歯科衛生士国家試験・就職率ともに100％でした）

●現代の国語　　●言語文化　　　●文学国語　　　●古典探究　　　●地理総合
●地理総合　　　●歴史総合　　　●数学Ⅰ　　　　●数学Ａ　　　　●数学Ⅱ
●数学Ｂ　　　　●数学Ｃ　　　　●物理基礎　　　●化学基礎　　　●生物基礎
●化学　　　　　●生物　　　　　●音楽Ⅰ　　　　●家庭基礎　　　●英語コミュニケーションⅠ
●英語コミュニケーションⅡ　　　●英語コミュニケーションⅢ
●論理表現Ⅰ　　●論理表現Ⅱ　　●情報Ⅰ　など

●英語検定　　●数学検定　　●漢字検定　　●ニュース検定　　●理科検定
●情報処理検定　など